Решение проблемы с ошибкой fatal error: libxml/xmlversion.h: Нет такого файла или каталога

На одном из этапе установке программы у меня всё время возникала указанная в заголовке ошибка. В логе в первую очередь в глаза бросилась строка error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1. Но это общая ошибка компилятора, которая обусловлена другой проблемой. Чтобы её обнаружить нужно посмотреть чуть выше - что именно предшествовало остановке компилятора?

В моём случае проблема заключалась в следующем: fatal error: libxml/xmlversion.h: Нет такого файла или каталога.

Посмотрите сами на кусок лога, который её содержит:

  x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fno-strict-aliasing -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -fPIC -I/tmp/pip-build-bpEHWR/lxml/src/lxml/includes -I/usr/include/python2.7 -c src/lxml/lxml.etree.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lxml/lxml.etree.o -w
  In file included from src/lxml/lxml.etree.c:239:0:
  /tmp/pip-build-bpEHWR/lxml/src/lxml/includes/etree_defs.h:14:31: fatal error: libxml/xmlversion.h: Нет такого файла или каталога
   #include "libxml/xmlversion.h"
                                 ^
  compilation terminated.
  error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
  
  ----------------------------------------
  Failed building wheel for lxml
Failed to build lxml
Installing collected packages: lxml, mechanize, slowaes, XlsxWriter, olefile, PyPDF2
  Found existing installation: lxml 3.4.0
    Uninstalling lxml-3.4.0:
Exception:
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip/basecommand.py", line 211, in main
    status = self.run(options, args)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip/commands/install.py", line 311, in run
    root=options.root_path,
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip/req/req_set.py", line 640, in install
    requirement.uninstall(auto_confirm=True)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip/req/req_install.py", line 716, in uninstall
    paths_to_remove.remove(auto_confirm)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip/req/req_uninstall.py", line 125, in remove
    renames(path, new_path)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip/utils/__init__.py", line 315, in renames
    shutil.move(old, new)
  File "/usr/lib/python2.7/shutil.py", line 300, in move
    rmtree(src)
  File "/usr/lib/python2.7/shutil.py", line 252, in rmtree
    onerror(os.remove, fullname, sys.exc_info())
  File "/usr/lib/python2.7/shutil.py", line 250, in rmtree
    os.remove(fullname)
OSError: [Errno 13] Permission denied: '/usr/lib/python2.7/dist-packages/lxml/doctestcompare.pyc'

Эта проблема решается достаточно просто.

Для основанных на Debian дистрибутивах (Debian, Ubuntu, Mint) установите следующие пакеты:

sudo apt-get install libxml2-dev libxslt1-dev python-dev

Для CentOS, Red Hat, Fedora:

yum install libxslt-devel libxml2-devel python-devel